Η επόπτευση και η φύλαξη του Δέλτα Έβρου είναι από τις πιο σημαντικές δραστηριότητες του Φορέα Διαχείρισης.
Το πρόγραμμα επόπτευσης-φύλαξης υλοποιείται στην προστατευόμενη περιοχή από το 2006 και αποτελεί συνέχεια προηγούμενων αντίστοιχων δράσεων που υλοποιούνταν κατά το παρελθόν στο Δέλτα Έβρου.
Σκοπός των δράσεων επόπτευσης και φύλαξης είναι η αποτροπή των παράνομων ενεργειών και δραστηριοτήτων όπως η λαθροθηρία, η παράνομη βόσκηση, η παράνομη αλιεία, η κατασκευή αυθαίρετων κτισμάτων και γενικότερα ο έλεγχος των ανθρώπινων δραστηριοτήτων στην προστατευμένη περιοχή του Δέλτα Έβρου.
Έτσι μέσα από το πρόγραμμα επιδιώκεται:
1. Η διασφάλιση της εφαρμογής των Νόμων, Κανονισμών και λοιπών αποφάσεων ώστε να αποφεύγονται οι αυθαιρεσίες
2. Η προστασία της πανίδας και των βιοτόπων
3. Η προστασία της έκτασης από πιθανούς κινδύνους, π.χ. πυρκαγιές
4. Ο έλεγχος για φθορές και η φύλαξη των δημόσιων εγκαταστάσεων
5. Ο εντοπισμός των αρνητικών επιπτώσεων στις αξίες και τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά της περιοχής
6. Η πληροφόρηση κι ενημέρωση των επισκεπτών και των χρηστών
Για την ομαλή υλοποίηση του προγράμματος είναι συνεχής η συνεργασία του Φορέα Διαχείρισης με τις συναρμόδιες υπηρεσίες, όπως το Δασαρχείο Αλεξανδρούπολης, το Λιμεναρχείο Αλεξανδρούπολης, η Πυροσβεστική Υπηρεσία Αλεξανδρούπολης, η Αστυνομική Δ/νση Αλεξανδρούπολης, διευθύνσεις της Περιφερειακής Ενότητας Έβρου κτλ.